ปุ๋ยอินทรีย์ (organic fertilizer) คือ ปุ๋ยที่ได้จากสารอินทรีย์หรือวัสดุอินทรีย์ที่ผลิตขึ้นโดยกรรมวิธีต่างๆ เช่น การสกัด หมัก บด ร่อน หรือด้วยวิธีการอื่นๆ ซึ่งต้องผ่านกระบวนการเปลี่ยนแปลงทางชีวภาพด้วยการย่อยสลายของจุลินทรีย์
ปุ๋ยอินทรีย์ ไม่ใช่แค่ให้แร่ธาตุอาหารแก่พืชเท่านั้น แต่ยังเป็นปุ๋ยที่มีความสำคัญต่อการปรับปรุงดิน เพราะประกอบด้วยอินทรียวัตถุ และแร่ธาตุต่างๆ ที่สามารถทำให้ดินมีสภาพดีขึ้นพร้อมกับช่วยให้พืชเจริญเติบโตได้อย่างเหมาะสมและได้ผลผลิตที่สวยงาม